A fluoreszcens áramlásos citometriát (fluorescence flow cytometry, FFC) a sejtek fiziológiai és kémiai tulajdonságainak elemzéséhez használják. Ez egyéb biológiai részecskék elemzéséhez is használható a vizeletvizsgáló analizátorokban. A következőkről szolgál információkkal:

a sejt mérete és szerkezete
a sejt belső része

Az áramlásos citometriában a sejteket és a részecskéket egy nagyon keskeny áramlási sejten történő áthaladásuk közben vizsgáljuk.

A vérmintát előbb felszívják és arányosítják, majd egy előre megadott arányban hígítják és megjelölik egy szabadalmaztatott fluoreszcens markerrel, amely főleg a nukleinsavakhoz kötődik.

A következő minta az áramlási sejtbe kerül átszállításra. A mintát egy félvezető lézernyaláb világítja meg, amely szétválaszthatja a sejteket három különböző jelet használva:

előre szórt fény (előre irányuló fényszórás vagy forward scatter, FSC)
oldalsó szórt fény (oldalirányú fényszórás vagy side scatter, SSC)
oldalirányú fluoreszcens fény (oldalirányú fluoreszcencia vagy side fluorescence light, SFL).

Az előre irányuló fényszórás intenzitása mutatja a sejt térfogatát. Az oldalirányú fényszórás a sejt tartalmáról, valamint a magról és a szemcsékről szolgál információkkal. Az oldalirányú fluoreszcencia a sejtben jelenlevő DNS és RNS mennyiségét mutatja.

A hasonló fizikai és kémiai tulajdonságokkal rendelkező sejtek egy klasztert alkotnak a szóródási diagramként (scattergram) ismert grafikonon.

A fluoreszcens áramlásos citometria elve különböző analizátorokban kerül felhasználásra a hematológiában és vizeletvizsgálatban. A vérsejtszámláláshoz fluoreszcens áramlásos citometriát használunk, pl. a WBC- és differenciál, az NRBC-számláláshoz és a retikulocitaméréshez.

A vizeletvizsgáló analizátorokban a fluoreszcenciás technikát baktériumok, vörösvérsejtek, fehérvérsejtek és egyéb elemek számlálásához is használják.